Центральный офис и производство «Энертек» находятся в Санкт-Петербурге. В Нижнем Тагиле и Чебоксарах компания имеет региональные подразделения.
В структуре компании - коммерческий отдел, отдел общесистемных решений, проектно - конструкторский отдел, отдел ПО и визуализации, производственный департамент и администрация. В составе производственного департамента - сборочный участок, отдел сервисных работ (шеф-монтажные, пуско-наладочные и ремонтные работы), отдел закупок, склад.